¿Cómo puedo generar y certificar mis Comprobantes Fiscales Digitales a través de Internet?

Para llevar a cabo las funciones de validación, timbrado y asignación de folios en representación del SAT, los proveedores autorizados por el SAT, deberán contar con un servicio de validación y certificación gratuito para los CFDI que generen los Contribuyentes a partir de una aplicación gratuita que también deberán poner a disposición del público en general.

¿Cuál es la vigencia del Certificado de Sello Digital para la Factura Electrónica?

La vigencia es de 2 años.

¿Cómo puedo saber la diferencia entre el archivo (.cer) de la FIEL y el del Certificado?

Deberá de ir al archivo dar clic con el botón derecho sobre el mismo y seleccionar propiedades:
Si dice OU= (una serie de numero y letras) pertenece al certificado.
Si dice SERIAL NUMBER = (una serie de numero y letras) pertenece a la fiel.

¿En caso de tener varias sucursales, se tendrán varios certificados de sellos digitales para cada una de éstas?

Los contribuyentes podrán tramitar la obtención de un certificado de sello digital para ser utilizado por todos sus establecimientos o locales, o bien, tramitar la obtención de un certificado de sello digital por cada uno de sus establecimientos (Fundamento legal: Artículo 29 fracción I párrafo tercero del Código Fiscal de la Federación).